Phẫu thuật chuyển giới (tiếng Anh: 'Sex reassignment surgery', viết tắt là 'SRS'), còn gọi là giải phẫu chuyển đổi giới tính, phẫu thuật xác định lại giới tính, phẫu thuật tái tạo bộ phận sinh dục, hoặc nói thông dụng chuyển đổi giới tính) là một dạng phẫu thuật nhằm sửa đổi các bộ phận sinh dục của một người từ giới tính nam sang nữ hoặc ngược lại (dương vật và tinh hoàn đối với nam; âm vật, âm đạo, tử cung và buồng trứng đối với nữ).Chú ý không nhầm lẫn "phẫu thuật chuyển giới" với khái niệm "chuyển đổi giới tính". Việc chuyển đổi giới tính bao gồm việc phẫu thuật chuyển giới và điều trị hoóc-môn lâu dài, như vậy có nghĩa là phẫu thuật chuyển giới chỉ là công đoạn đầu tiên của chuyển đổi giới tính.Một số vấn đề cần lưu ý đối với việc chuyển đổi giới tính:Ngoài ra, cần lưu ý rằng việc phẫu thuật chuyển giới sẽ không thực sự biến một người từ nam sang nữ hoặc ngược lại, mà thực ra nó chỉ tạo cho họ một ngoại hình "mô phỏng" theo giới tính cụ thể mà họ muốn, còn nhiều đặc điểm khác thì không thể thay đổi được, ví dụ như:Phẫu thuật chuyển giới thường được áp dụng với những người chuyển giới do mắc chứng bệnh mặc cảm giới tính - Gender dysphoria (tên cũ là "Rối loạn định dạng giới"), tuy nhiên vấn đề này gây ra nhiều tranh cãi về y đức (nên giúp các bệnh nhân này điều trị tâm lý để họ không còn muốn chuyển giới nữa, chứ không nên phẫu thuật cắt sửa những bộ phận khỏe mạnh của họ). Việc phẫu thuật chuyển đổi giới tính cũng có thể được thực hiện trên người lưỡng tính (tức là những người có bộ phận sinh dục bị khuyết tật, không xác định rõ là nam hay nữ), thường là trong giai đoạn trẻ em[2][3]